دیوان عالی اروپا، آلمان را به دلیل نقض دستورالعمل‌های اتحادیه اروپا در رابطه با میزان نیترات موجود در آب‌های زیرزمینی محکوم کرد. قضات دیوان عالی اروپا در استدلال خود گفته‌اند که آلمان به قدر کافی برای کاهش میزان نیترات در آب‌های زیرزمینی اقدام نمی‌کند.

مقدار زیاده از حد نیترات که اغلب حاصل استفاده از مواد کودی در کشاورزی است، برای محیط زیست و سلامتی مضر است.
به گزارش کمیسیون اتحادیه اروپا، آب‌های زیرزمینی در بسیاری از نقاط آلمان حاوی نیترات زیاد است. همین گزارش می‌گوید که به طور متوسط در ۲۸ درصد از مکان‌هایی که در آن از سال ۲۰۱۲ تا ۲۰۱۵ اندازه‌گیری انجام شده، میزان نیترات آب از حد مجاز ۵۰ میلی‌گرم در لیتر بیشتر بوده است.

بنا بر رأی دیوان عالی اروپا، آلمان برای حفاظت از آب‌های خود باید دست به اقدامات بیشتر و جدی‌تری بزند.

کارشناسان بر سر خطر نیترات برای سلامتی مصرف‌کنندگان آب آشامیدنی با هم اختلاف نظر دارند. ماکسی‌میلیان هوف‌مایر، کارشناس قوانین مربوط به استفاده از کود در اداره فدرال حفاظت از محیط زیست آلمان، می‌گوید "خطری برای مصرف‌کنندگان آب آشامیدنی وجود ندارد".

به گفته هوف‌مایر، اینکه بنا بر اندازه‌گیری‌ها مقدار نیترات در آب‌های زیرزمینی آلمان از حد مجاز گذشته، به معنای آن نیست که آب آشامیدنی نیز آلوده است. در مناطقی با میزان بالای نیترات، مقامات مسئول، آب آشامیدنی را با آب تصفیه‌نشده غیرآلوده مخلوط می‌کنند تا بتوانند حد مجاز نیترات را نگاه دارند. البته هزینه انجام چنین کاری بالاست.

نیترات بخصوص از طریق مواد کودی طبیعی در کشاورزی، برای نمونه کود مایع، وارد آب‌های زیرزمینی می‌شود. میزان بالای نیترات در آب برکه‌ها و دریاچه‌ها مانع رشد جلبک‌ها و گیاهان دیگر می‌شود. تجزیه گیاهان از بین رفته نیاز به اکسیژن زیادی دارد که موجب مرگ ماهی‌ها و به هم خوردن تعادل اکوسیستم می‌شود.